Josef Hubertus Pilates 1880-ban született Düsseldorf mellett, Németországban. Csenevész beteges kisgyermek volt. Fiatal éveiben szenvedett asztmától, angolkórtól, reumás láztól, amelynek következtében csontrendszere visszamaradt a fejlődésben, végtagjai kacskák voltak. Ahelyett, hogy bele nyugodott volna a csapásokba, megszállottan edzett, hogy javítson saját testképén. Szenvedélyesen érdeklődött az emberi élettan és anatómia, különösen az izomzat felépítése iránt. Lelkes sport emberré vált -búvárkodás, síelés, gimnasztika, bokszolás és birkózás szerepeltek érdeklődési köreiben. Szisztematikusan fáradhatatlanul dolgozott, tanulmányozta a keleti testgyakorlatokat, köztük a jógát is, mindezek kombinációját felhasználva, kifejlesztett egy gyakorlatsort , amelynek segítségével rendellenességeit korrigálhatta. Ezek képezték az alapját a mai ismert talaj gyakorlatoknak. Ő ezt a Contrológia művészetének nevezte.

1912-ben Angliába költözött, ahol nyomozókat oktatott önvédelemre. Ökölvívással, és cirkuszi művészként előadásokkal is foglakozott. 1914-ben azonban az Anglia és Németország között kitörő háború miatt, “ellenséges idegenként” hatott az Egyesült Királyságban élő német származású Pilates. Karrierje félbe szakadt és kiutasították Angliából.
Származása miatt először Lanchesterbe, később Man szigetére integrálták. Man szigetén amellett, hogy kórházban dolgozott, edzés programot készített saját maga és társai részére, hogy megóvja egészségüket a bezártság ideje alatt. Ekkor született meg benne a döntés, hogy kidolgozza a saját módszerét, amely képes megőrizni a testi-lelki egészséget. Pilates szerint az ott élők ennek az edzésformának köszönhették, hogy senkit sem vitt el a az 1918-ban pusztító influenza járvány, amely ezrek halálát okozta. Emelett a kórházi sérülteknek segített mozgásképességük visszanyerésében. A gyakorlatokat a beteg ágyában végeztette, amelynek keretéhez rugókat erősített.

Az első világháború után Pilatest szabadon engedték, és ő folytatta a módszer fejlesztését. Visszatért Németországba és érdeklődése a táncélet felé fordult, megismerkedett Rudolf von Labannal, a nagy sikerű táncos koreográfussal. Pilates a hamburgi rendőröknek is oktatta gyakorlatait. Pályája ismét töretlennek látszott.

1926-ban felszólították, hogy vegyen részt a Német hadsereg kiképzésében, amit ő megtagadott és azonnal az U.S.A.-ba emigrált. A hajó úton odafelé ismerkedett meg egy Clara nevű ápoló nővel, akivel szinte egész útjuk folyamán közös témájuk lett az egészség megőrzése. Clara később Pilates felesége lett, akivel közösen rendezte be első New Yorki stúdióját a New York City Balett épületében. Stúdiója hamar oda vonzotta a helyi elit társaságot. Elsőrangú balett táncosok keresték fel, mert az ő edzés programja tökéletesen kiegészítette az intézetes balett képzést. Ez után áramlottak a színészek, színésznők, sportolók,  és a gazdag hírességek, mert Pilates olyan izmokat épített számukra amelyek nem voltak kitüremkedőek, egyensúlyban tartotta testüket és fokozta a hajlékonyságukat. 1967-ben bekövetkezett halála előtt kiképezte utódait, akikre feladatul hagyta, hogy adják tovább módszerét.